E' come ha scritto Hsg:
te vendi per € 100.00, il cliente paga € 100.00, te fatturi per € 100.00 (non puoi fatturare 96 perchè il cliente ti ha dato 100) però ne ricevi 96.00
Quei 4.00 che ti mancano sono un costo quindi il commercialista te li inserisce tra i vari costi che hai.
Non so di preciso come funziona per Paypal, non so se ti fatturano anche se chiedi.... prova
Tornando all'esempio della Banca, il servizio interbancario che usi non ti manda mail la fattura delle commissioni che si tengono ma solo un resoconto mensile, te puoi dare quello al commercialista.
Fatto sta che te non dovresti far pagare le commissioni al cliente.... come infatti si fa in un negozio fisico, al massimo se sai che ti paga con la carta fai meno sconto (o non lo fai affatto), ma mai e poi mai devi addebitargli le spese.